16年前，射手座黄金圣斗士艾欧洛斯怀抱真正的女神转世雅典娜逃出圣域，途中遭到双子座撒卡和摩羯座修拉的阻击身负重伤。命运的趋势下，垂危一线的艾欧洛斯将女神托付给刚好来喜马拉雅山脉探险的日本城户财团总裁城户光政（大杉涟 配音）。知晓前因后果的光政将女神带回日本，并为之起名沙织，以孙女的名义将其抚养长大。

四百年后的未来，一曾蔚蓝的地球黄沙遍野，自然环境极度恶劣。与之相伴，旧有的人类文明凋零殆尽，早先绝大多数幸存者迁往靠近地球的外太空，在名为迪瓦的设施中安顿下来。他们抛弃肉体，将自己的精神和灵魂投入迪瓦所构建的虚拟空间中，尽情享受没有丝毫痛苦的快乐。但是自称弗隆提亚·赛塔（神谷浩史 配音）的骇客让维护

或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成